L'étape suivant la déshydratation est appelée «clarification» et consiste à remplacer la solution de déshydratation par une substance qui sera miscible avec le milieu d'inclusion (paraffine). Le terme "clarification" vient du fait que les agents de clarification ont souvent le même indice de réfraction que les protéines. En conséquence, lorsque le tissu est complètement infiltré avec le clarifiant, il devient translucide. Ce changement d'apparence est souvent utilisé comme une indication de l'efficacité du processus.

Les agents de clarification et de déparaffinage sont complètement miscibles dans l'alcool et la paraffine, c'est pourquoi ces solutions sont très utilisées en histologie et en cytologie. De nombreuses étapes dans la préparation et la coloration des coupes de tissus font intervenir des agents de clarification, comme par exemple, avant l'inclusion du tissu en paraffine, lors de l'élimination de la paraffine de la coupe de tissu avant la coloration et avant le montage entre lame et lamelle avec du milieu de montage pour l'observation et le stockage à long terme.

Habituellement les solutions de clarification et de déparaffinage sont à base de xylène ou de toluène. Cependant, étant donné la toxicité de ces solvants, il existe désormais des solutions de substitution à base notamment d'hydrocarbures qui présentent l'avantage d'être beaucoup moins toxique que le xylène mais également d'être inodore.