Le mélanome, un cancer malin issu des mélanocytes, présente une hétérogénéité moléculaire complexe due aux variations des profils d’expression génique révélées par les analyses d’ARN. Les récentes avancées dans les technologies de séquençage de l’ARN permettent une exploration détaillée du transcriptome du mélanome, révélant des biomarqueurs et des cibles thérapeutiques potentiels.

Informations clés sur l’ARN dans le mélanome

• Profilage de l’ARN et transcriptomique dans le mélanome : L’ARN extrait de tissus de mélanome, qu’ils soient frais-congelés ou fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE), permet le profilage de l’ARN messager (ARNm), des microARN (miARN), des longs ARN non codants (lncARN) et des ARN circulaires (circARN). Ces espèces d’ARN régulent la biologie tumorale, les interactions avec le microenvironnement immunitaire et les processus métastatiques.
  • Le séquençage d’ARN à cellule unique (scRNA-seq) a permis d’identifier des sous-populations distinctes de cellules immunitaires et tumorales au sein des microenvironnements du mélanome, influençant la réponse des patients aux immunothérapies telles que les inhibiteurs de points de contrôle immunitaire.
  • Les signatures transcriptomiques dérivées de tissus de mélanome permettent d’identifier des ensembles de gènes prédictifs de la réponse thérapeutique, notamment à l’immunothérapie anti-PD1, facilitant ainsi des stratégies de traitement personnalisées.
• Sources et qualité de l’ARN : Bien que les tissus frais-congelés soient idéaux pour l’extraction d’ARN de haute qualité, l’utilisation croissante de tissus de mélanome archivés en FFPE s’explique par leur disponibilité et les données cliniques associées. Toutefois, les échantillons FFPE posent des défis en raison de la dégradation de l’ARN, nécessitant des protocoles optimisés d’extraction et d’évaluation de la qualité pour des analyses fiables.
• ARN non codants comme biomarqueurs et régulateurs :
  • Les miARN, en particulier ceux extraits de tissus de mélanome et du plasma circulant, servent de biomarqueurs non invasifs. Par exemple, le miR-210 est élevé dans le mélanome métastatique et corrélé à la récidive de la maladie et à un mauvais pronostic.
  • Les lncARN et les circARN participent à la régulation de la croissance tumorale, de l’évasion immunitaire et de la métastase, offrant ainsi des opportunités pour de nouveaux outils diagnostiques et cibles thérapeutiques.