La technologie des billes magnétiques est l'une des stratégies émergentes pour extraire l'ARN et l'ADN génomique, plasmidique et mitochondrial. La technique consiste à séparer les acides nucléiques de mélanges complexes par hybridation complémentaire.

Les méthodes de purification à base de billes magnétiques/particules utilisent également un procédé de liaison / lavage / élution comme les autres méthodes d’extraction en phase solide. Cependant, au lieu d'utiliser la centrifugation ou des colonnes de centrifugation pour éliminer la phase aqueuse au contact de la matrice de silice, les méthodes utilisant des billes magnétiques ou des particules fonctionnalisées avec des surfaces de silice permettent une liaison sélective de l'ADN en présence de fortes concentrations de sel. L'ADN lié à une bille magnétique peut être facilement séparé de la phase aqueuse à l'aide d'un aimant, ce qui permet un traitement rapide des échantillons et un contrôle fin des volumes de solution. Les méthodes à base de billes magnétiques sont idéales pour l'automatisation et le traitement à haut débit, car elles éliminent le besoin de centrifugation et d'autres étapes fastidieuses.