Les échantillons de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) constituent un vaste panel d’échantillons cliniques pathologiquement bien caractérisés et ces coupes histologiques représentent une immense ressource qui peut être utilisée pour mener des recherches sur les biomarqueurs de différentes pathologies. Cependant, la purification d'un ARN de qualité, amplifiable, à partir de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) peut être une tâche difficile. Le processus de fixation peut être extrêmement agressif et peut entraîner la fragmentation des acides nucléiques présents dans l'échantillon. La fixation introduit également des liaisons croisées qui peuvent entraver la capacité de traitement de nombreuses applications en aval. Les conditions de stockage des échantillons FFPE peuvent également jouer un rôle dans la qualité de l'ADN présent dans l'échantillon. Les blocs de tissus FFPE archivés et les lames peuvent avoir des dizaines d'années et avoir été soumis à des conditions qui ont compromis l'intégrité de l'échantillon.

Les échantillons de tissus fixés au formol sont donc un défi pour l'extraction d'ADN, conduisant souvent à de faibles rendements en ADN amplifiables et à de mauvaises performances dans des étapes ultérieures impliquant une manipulation enzymatique, y compris une transcription inverse et une préparation de banque de séquençage. Il existe cependant des réactifs optimisés pour l’extraction d’ADN à partir de ce type d’échantillons.