Flap Endonuclease 1 (FEN1) est une enzyme essentielle largement utilisée dans la préparation des librairies pour le séquençage de nouvelle génération (NGS), en raison de son activité d’endonucléase spécifique de la structure, impliquée dans les processus de réplication et de réparation de l’ADN. FEN1 appartient à la superfamille des nucléases RAD2 et joue un rôle central dans l’élimination des amorces d’ARN et le traitement des structures en clapet générées lors de la synthèse de l’ADN par déplacement de brin, un mécanisme indispensable à la maturation des fragments d’Okazaki et à la réparation par excision de base à long segment. Dans le contexte du NGS, ces activités permettent un traitement efficace et précis des fragments d’ADN nécessaires à la construction de librairies de haute qualité.

Lors de la préparation des librairies NGS, les fragments d’ADN ayant subi un cisaillement mécanique ou une fragmentation enzymatique présentent souvent des structures monocaténaires saillantes ou en clapet. FEN1 reconnaît spécifiquement les structures en clapet 5′ présentes dans ces intermédiaires. L’enzyme clive le clapet au niveau de la jonction entre l’ADN simple brin et double brin, en se liant à la base du clapet et en le faisant passer dans son site actif pour effectuer une coupure précise. Cette action élimine les extrémités monocaténaires indésirables, produisant des extrémités franches ou quasi franches, prêtes à être ligaturées avec les adaptateurs — une étape cruciale dans la préparation des librairies.

FEN1 agit selon deux principaux mécanismes : un tracking mechanism, où l’enzyme se fixe à l’extrémité 5′ du clapet et clive à la jonction clapet–duplex, et un flap threading mechanism, où le brin en clapet est enfilé à travers l’enzyme pour atteindre le site catalytique de coupure. Cette spécificité empêche toute coupure non ciblée et maintient la fidélité des fragments d’ADN destinés au séquençage.

Sur le plan structural, FEN1 interagit avec le PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen), qui stimule son activité endonucléase et coordonne sa fonction durant la réplication et la réparation de l’ADN. Cette interaction renforce l’efficacité du clivage des clapets, garantissant la stabilité du génome — un facteur essentiel à l’intégrité des matrices d’ADN utilisées pour la préparation des librairies NGS.

En résumé, FEN1 est indispensable dans la préparation des librairies NGS grâce à sa capacité à traiter précisément les structures en clapet et à purifier les extrémités d’ADN, facilitant ainsi la génération de librairies de séquençage de haute qualité. Son rôle dans la maturation des fragments d’Okazaki et dans les mécanismes de réparation de l’ADN souligne son adaptation évolutive comme enzyme clé pour le maintien de la fidélité du génome, une propriété qui se traduit directement par une meilleure précision et fiabilité des applications NGS.

Rôles clés de FEN1 dans la préparation des librairies NGS

• Élimination des structures en clapet 5′ sur l’ADN fragmenté pour générer des extrémités ligaturables.
• Clivage endonucléolytique précis aux jonctions clapet–duplex pour éviter les duplications ou erreurs de séquence.
• Interaction avec le PCNA afin d’améliorer l’efficacité du clivage des clapets.
• Maintien de l’intégrité de l’ADN, essentielle à la qualité des librairies et à la précision du séquençage.

Mécanismes moléculaires

• Reconnaissance et clivage des structures en clapet via des mécanismes de poursuite ou d’enfilage.
• Coordination avec la polymérase et la ligase lors des voies de maturation de l’ADN.
• Rôle dans la réparation par excision de base et la stabilité de la fourche de réplication, contribuant à la stabilité génomique.