Le séquençage ChIP-Seq ou séquençage ChIP est une technique de séquençage nouvelle génération (NGS) permettant d’étudier les interactions entre les protéines et l’ADN, pour identifier les sites de liaison de l'ADN à l'échelle du génome pour les facteurs de transcription et autres protéines. Le séquençage ChIP-Seq est donc un outil clé dans la recherche épigénomique. Il s’agit d’une approche basée sur une technique de séquençage qui permet de déterminer rapidement la séquence de fragments immunoprécipités  par immunoprécipitation de chromatine (ChIP). Selon les protocoles ChIP, la protéine liée à l'ADN est immunoprécipitée à l'aide d'un anticorps spécifique. L'ADN lié est ensuite co-précipité, purifié et séquencé. Les fragments immunoprécipités sont fixés par l’intermédiaire d’un adaptateur sur une puce et sont amplifiés en phase solide. Chaque échantillon peut être séquencé suivant quatre méthodes dites de nouvelle génération (NGS) : le séquençage par synthèse (Illumina), le pyroséquençage, le séquençage par ligation, et le séquençage simple-molécule.