Le séquençage ciblé (parfois appelé séquençage de l'amplicon cible) (TAS) est une technique de séquençage de l'ADN de nouvelle génération axée sur les amplicons et des gènes spécifiques. Le séquençage ciblé est un moyen rapide et rentable de détecter des variantes connues et nouvelles dans des ensembles de gènes ou des régions génomiques sélectionnés. Le séquençage des gènes peut être réalisé à l'aide de plusieurs méthodes de séquençage de l'ADN, selon l'échelle. Le séquençage ciblé nécessite la sélection et l'isolement préalable des gènes ou des régions d'intérêt, généralement par amplification PCR ou par des méthodes de capture basées sur l'hybridation.

Le séquençage ciblé de la nouvelle génération est un type de séquençage de nouvelle génération (NGS) qui se concentre sur des zones spécifiques du génome. Les méthodes les plus courantes de séquençage ciblé par NGS comprennent la capture par hybridation et le séquençage de l'amplicon. La principale différence entre les techniques est la méthode par laquelle les échantillons sont enrichis. La capture par hybridation est effectuée en solution en utilisant des oligos biotinylés (c'est-à-dire des appâts ou des sondes) pour capturer des séquences complémentaires de la banque d'échantillons. Le séquençage des amplicons utilise des amorces PCR pour amplifier les séquences d'intérêt.