Une souche bactérienne est une variante génétique ou un sous-type au sein d'une espèce bactérienne, présentant des différences mineures mais identifiables par rapport aux autres membres de la même espèce. Les souches proviennent généralement d'une seule cellule ou colonie bactérienne et représentent une culture pure avec des caractéristiques génétiques ou phénotypiques distinctes. Ces différences peuvent concerner la taille, la forme, la mobilité, les capacités métaboliques, les propriétés antigéniques ou les séquences génétiques.

Importance et applications

• Microbiologie médicale : La différenciation des souches permet d'identifier les variants pathogènes ayant des profils de virulence ou de résistance aux antibiotiques différents. Par exemple, les souches pathogènes d’Escherichia coli (EPEC, EHEC, EAEC) provoquent différentes maladies.
• Épidémiologie : Le typage des souches permet de suivre les épidémies et les voies de transmission des maladies infectieuses.
• Biotechnologie : Les souches modifiées sont optimisées pour la production de protéines, d’enzymes, de biocarburants et d’autres métabolites.
• Taxonomie et phylogénie : Les souches de référence (type strains) servent à définir les espèces et à clarifier les relations entre les bactéries.

Une souche bactérienne représente un sous-ensemble génétiquement et/ou phénotypiquement distinct au sein d'une espèce bactérienne, souvent issue d'une cellule ancestrale unique. Bien que les souches partagent la plupart des caractéristiques de leur espèce, elles diffèrent par certains aspects mineurs mais significatifs qui peuvent influencer leur comportement, leur pouvoir pathogène ou leur utilité. Les avancées en séquençage génomique ont affiné l'identification des souches, permettant une différenciation précise, essentielle pour la recherche, le diagnostic clinique et les applications industrielles.