Kits d’immunoprécipitation de l’ADN méthylé (MeDIP) permettent l’enrichissement basé sur des anticorps des fragments d’ADN contenant de la 5-méthylcytosine pour l’analyse épigénomique. Ces kits fournissent des protocoles standardisés pour l’isolement sélectif des régions méthylées à partir d’ADN génomique fragmenté, et sont compatibles avec les analyses en aval par qPCR, microarrays ou séquençage.
Principes fondamentaux
La technique MeDIP exploite la forte affinité d’anticorps monoclonaux pour la 5-méthylcytosine dans l’ADN simple brin. Cette méthode enrichit préférentiellement les séquences fortement méthylées (5 à plus de 10 CpG par fragment), offrant une couverture génomique avec une résolution d’environ 300 pb.
Aperçu du protocole (3 à 4 heures au total)
- Fragmentation de l’ADN à 200–500 pb
- Dénaturation thermique pour obtenir de l’ADN simple brin
- Fixation des anticorps dans des conditions salines optimisées
- Capture sur billes magnétiques et lavages stringents
- Élution et digestion des protéines associées
- Obtention de la fraction d’ADN méthylé purifiée
Applications
- Analyse des promoteurs : identification des gènes suppresseurs de tumeurs hyperméthylés et des oncogènes hypométhylés.
- Cartographie des DMR : identification des régions différemment méthylées entre types cellulaires, stades de développement ou états pathologiques.
- Profilage épigénomique global : étape d’enrichissement préalable au MeDIP-seq (30 millions de lectures permettant ~80 % de couverture des régions promotrices).
- Découverte de biomarqueurs : détection de signatures de méthylation spécifiques dans l’ADN libre circulant (cfDNA) associé au cancer.
- Épigénétique du développement : suivi des modifications de méthylation spécifiques aux lignées cellulaires lors de la différenciation.
