Les tests d’accessibilité et de structure de la chromatine permettent de caractériser l’ouverture de la chromatine, le positionnement des nucléosomes et son organisation tridimensionnelle afin d’identifier les éléments régulateurs, les interactions ADN-protéines et les caractéristiques structurelles impliquées dans la régulation de l’expression génique. Ces analyses mesurent les régions de l’ADN accessibles aux enzymes ou aux transposases, évaluent l’organisation des nucléosomes et déterminent les variations de compaction de la chromatine selon les types cellulaires, les états physiologiques ou les conditions expérimentales. Les protocoles génèrent généralement des librairies directement compatibles avec le séquençage à partir de noyaux isolés ou de cellules perméabilisées, et sont adaptés aux approches en vrac (bulk), à faible quantité d’échantillon et à l’échelle monocellulaire.
Principaux avantages
- Évaluation directe du potentiel régulateur : identification des promoteurs, amplificateurs (enhancers), isolateurs (insulators) et autres éléments régulateurs cis grâce à leur accessibilité chromatinienne.
- Informations à la résolution du nucléosome : les distributions de taille des fragments et leur périodicité fournissent des renseignements précis sur le positionnement et l’occupation des nucléosomes.
- Compatibilité avec de faibles quantités d’échantillons et les approches monocellulaires : permet l’analyse de matériel biologique limité et l’étude de l’hétérogénéité cellulaire.
- Large compatibilité avec les échantillons : applicable aux cellules en culture, aux tissus primaires, aux échantillons congelés et aux populations cellulaires triées.
- Intégration multiomique complémentaire : se combine efficacement avec des approches telles que CUT&Tag, ChIP-seq, RNA-seq et d’autres méthodes apparentées afin d’obtenir une vision globale des mécanismes de régulation.
Applications
- ATAC-seq et autres méthodes basées sur la tagmentation pour le profilage à l’échelle du génome des régions de chromatine ouverte.
- Études du positionnement des nucléosomes et de l’occupation de la chromatine.
- Analyse différentielle de l’accessibilité chromatinienne entre différents stades de développement, traitements ou conditions pathologiques.
- ATAC-seq monocellulaire et flux de travail multiomiques intégrant l’accessibilité de la chromatine avec des données transcriptomiques ou protéomiques.
- Étude de la compaction de la chromatine, de l’organisation tridimensionnelle du génome et des interactions chromatiniennes à longue distance lorsqu’elle est associée à des méthodes complémentaires de génomique structurale.
